Каракольский сельский Совет Онгудайской волости Горно-Алтайского уезда был образован в 1920 году постановлением Сибревкома и назывался Совет рабочих, крестьянских и красноармейских депутатов.
В 1936 году по Конституции СССР сельский Совет рабочих, крестьянских и красноармейских депутатов переименован в Каракольский сельский Совет депутатов трудящихся. По Конституции СССР от 7 октября 1977 года стал именоваться Каракольским сельским Советом народных депутатов. В сентябре 1974 года от Каракольского сельского Совета в связи с образованием колхоза имени «24 Партсъезда» отделился Куладинский сельский Совет народных депутатов,
Решением Президиума Онгудайского Райсовета от 27.01.92 года № 27 от Каракольского сельского Совета отделился Нижне-Талдинский сельский Совет народныхдепутатов.
12 октября 1990 года на основании ст.145 Конституции РСФСР и Закона СССР « Об общих началах местного самоуправления и местного хозяйства» исполнительный комитет был упразднен и образован президиум сельского Совета, решением сессии от 13.03.1992 был упразднен президиум и образован Малый Совет. Каракольский сельский Совет переименован в Каракольскую сельскую администрацию и назначен глава сельской администрации, распущены депутаты сельского Совета.
С октября 1993 года прекращена деятельность депутатов Каракольского сельского Совета с передачей всех обязанностей в Каракольскую сельскую администрацию.
На основании Закона Республики Алтай от 02.06.1999 № 12-134 « О местном самоуправлении в Республике Алтай» , « О выборах депутатов представительного органа местного самоуправления в Республике Алтай» от 02.06.1999 № 12-17 проведены выборы депутатов сельского Совета. Избрано 8 депутатов сельского Совета. На 1-ой организационной сессии от 14.01.2000 г. тайным голосованием избран глава Каракольской сельской администрации – председатель сельского Совета депутатов.
Решением 17 сессии 2 созыва от 19.09.2002 года Онгудайский районный Совет депутатов решил образовать муниципальное образование « Онгудайский район». Решением 10 сессии 2 созыва от 26.12.2003 г. районный Совет депутатов включил сельские администрации в структуру администрации муниципального образования « Онгудайский район». Депутаты сельского Совета сложили свои полномочия, главой администрации муниципального образования « Онгудайский район» утверждены положения сельских администраций. В связи с истечением срока полномочий Каракольского сельского Совета депутатов и на основании ст.14 п.1,1 Устава муниципального образования « Онгудайский район» главой Каракольской сельской администрации с 20.12.2003г. назначен Кыдыев Сергей Эмильевич. .
В связи с принятием Закона Республики Алтай от 15.04.2005 г.№28-РЗ « Об определении даты выборов в представительные органы первого созыва вновь образованных муниципальных образований в Республике Алтай, а также даты выборов глав муниципальных образований» признан утратившим силу Закон Республики Алтай от 23.09.2002№ 6-8 « О местном самоуправлении в Республике Алтай» . 16 октября 2005 года состоялись выборы депутатов сельского поселения и главы сельского поселения. Избрано 11 депутатов и глава сельского поселения А.М.Якова. Решением сессии сельского Совета депутатов №2/1 от 24.11.2005г. принят Устав муниципального образования Каракольское сельское поселение.
В соответствии со статьей 23 Устава МО Каракольское сельское поселение , по результатам выборов главы Каракольского сельского поселения от 08.09.2013 года , решением заседания ТИК от 09.09.2013 года №21/18 главой Каракольского сельского поселения избран Тарбанаев Чедирген Байкалович. По результатам выборов главы Каракольского сельского поселения от 09.09.2018 года , решением заседания ТИК от 14.09.2018 года №54/5 главой Каракольского сельского поселения избран Маиков Каска Донскович.